Un de mes amis a porté à mon attention un article récemment publié sur les effets d’une délétion majeure dans le génome du SARS-CoV-2 [1] (le pool génétique du coronavirus, disons) sur la gravité de l’infection et sa réponse inflammatoire associée. Nous en avons discuté avec beaucoup d’intérêt, compte tenu de toutes les prédictions positives que de telles implications auraient dans l’issue de cette pandémie très inquiétante et préoccupante. Et même si l’article se concentre sur une étude de cohorte basée à Singapour, ce qui signifie qu’un échantillon limité dans un temps et un espace restreints spécifiques a été analysé, certaines « extrapolations » pourraient aider à prévoir ou à prédire des résultats positifs. 

Le les chercheurs ont étudié des variantes du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-Cov-2) dans sept hôpitaux publics en identifiant rétrospectivement les patients qui avaient été dépistés pour la variante Δ382. Et puis ils les ont comparés à ceux infectés par le type sauvage. Mais quelle est la différence entre cette variante Δ382 et le type sauvage? Pour ceux qui ne sont pas familiers avec la génétique, imaginez que le type sauvage est le tout premier virus qui s’est présenté à nous, les humains, aussi sauvage qu’on puisse le trouver, directement de la jungle, aucun changement dans son génome car ce serait le tout premier de tous. Ensuite, nous avons la variante Δ382 qui est de type sauvage mais avec quelque chose de différent, qu’il soit ajouté ou retiré, comme une voiture à trois ou cinq roues. 

Il arrive que cette variante Δ382 ait quelque chose de moins que le type sauvage, c’est-à-dire une délétion qui tronque (coupe un peu une structure importante plus grande), et les chercheurs se sont rendu compte que cette délétion a peut-être un impact sur la transmissibilité du virus et aussi sur sa virulence. De plus, ils se sont même rendu compte que la structure affectée par une telle délétion est l’ORF 7b (un cadre de lecture ouvert – partie d’un cadre de lecture dans le génome qui a la capacité d’être traduit) et supprime par conséquent la séquence régulatrice de transcription ORF8 du génome. Le résultat est une variante Δ382 du SARS-CoV-2 qui est susceptible d’être associée à une infection beaucoup plus douce car cette variante pourrait être moins efficace pour infecter un nouvel hôte puisque la structure d’ORF8 est liée à une diminution de la puissance inflammatoire. Pourquoi? Parce le bit retiré est un nucléotide 82 et un nucléotide 415 dans une section génomique très importante, même si la fonction biologique de la protéine ORF8 dans le SARS-CoV-2 doit encore être clairement connue et décrite. Mais plus loin, jen-vitro l’analyse a également montré que cette suppression n’affecte pas la forme physique réplicative, c’est-à-dire la capacité du virus à sortir et à se multiplier comme de petits lapins hormonaux chauds et fous.

Mais encore une fois, quelles sont les implications en termes de symptômes révélés par les personnes malades infectées par la variante Δ382? Lorsque les chercheurs ont comparé les personnes infectées par cette variante à celles infectées uniquement par le type sauvage, cinq aspects étaient assez clairs et prometteurs dans la manière dont ils contribuaient à comprendre comment un produit pharmaceutique pourrait être développé à l’avenir; non pas vacciner mais inhiber / réprimer la prédisposition protéique virale de cet agent pandémique:

1) En termes de fièvre, les personnes infectées uniquement par le type sauvage sont environ 4,2 fois plus sujettes aux effets pyrétiques… c’est toute une différence!!!;

2) En termes de toux, un aspect qui non seulement dépeint une affection pulmonaire probable, mais a également un impact sur la transmissibilité immédiate du virus – les personnes infectées par la variante Δ382 sont 3,1 fois moins sujettes à déclarer une toux;

3) L’un des aspects les plus intéressants de cette recherche est qu’ils ont également étudié les niveaux de concentration en protéines C-réactives, un indicateur direct de la réponse inflammatoire immédiate. Plus il y a de protéines C-réactives, plus la réponse inflammatoire est importante. Les personnes infectées uniquement par le type sauvage auront des niveaux 2,07 fois plus élevés de cette protéine inflammatoire.

4) Ensemble, les données observées ont également montré que les deux traits les plus importants chez les patients symptomatiques, c’est-à-dire hypoxie (manque d’oxygène) et pneumonie (infection du ou des poumons) est considérablement réduite chez les personnes infectées par le Δ382 par rapport au type sauvage, suggérant ainsi que cet événement délétère qui a abouti à ce mutant produit un résultat beaucoup plus doux.

5) Cette étude conclut enfin que l’ORF8 peut très probablement devenir une cible réussie pour une stratégie pharmaceutique ou thérapeutique qui étudie cette infection virale chez l’homme. Événement bien que la suppression d’ORF8 ne supprime pas la capacité de réplication, elle réduit la force des conséquences dans le corps humain. Et cela est de plus en plus important lorsque l’on considère que cette variante présente des difficultés à s’attacher à un nouvel hôte car la sécrétion de ses protéines d’infection pourrait être altérée.

Et n’oubliez pas, c’est la variante qui a été transmise avec succès dans les premiers jours de cette pandémie même si les mesures de confinement et de contrôle l’ont effacée avant mars de cette année. Mais des leçons ont été tirées pour que nous puissions commencer à appliquer les connaissances acquises pour une future approche médicale / pharmaceutique.

[1] Young, B. E., Fong, S-W., Chan, Y-H. et al (2020). « Effects of a major deletion in the SARS-COV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study ». La Lancette, 396, p. 603-611