J’ai eu du mal à écrire une seule ligne, mais j’ai eu beaucoup plus de mal à lire les énormes informations idiotes et, parfois, ouvertement ignorantes réparties sur différentes plates-formes, en ce qui concerne covid! J’ai réalisé que pour certaines questions, les sources officielles sont assez bonnes, même si, et je reste avec mon point de vue personnel à ce sujet, les chiffres ne s’additionnent pas immédiatement.

L’information et la contre-information ont atteint des niveaux si ridicules de présomption ignorante que j’ai décidé de m’éduquer directement auprès de quelques sources et experts sélectionnés. Mais lors de mon auto-information, je n’ai pas été en mesure de trouver une explication simplifiée adéquate qui répondrait aux différents aspects de toutes ces pandémies de covid-19. L’un de ces aspects est apparu exactement en essayant de comprendre comment l’Italie, le Royaume-Uni, le Portugal et l’Espagne rencontraient des niveaux d’infectiosité et de létalité si différents lorsqu’ils étaient présentés à des approches et des pressions / stratégies externes / internes fondamentalement similaires. Je ne pouvais tout simplement pas comprendre certains aspects, mais celui qui m’a surpris les mains vides a entendu un spécialiste en virologie dire que le virus venait de muter d’un pays à l’autre. Je ne me souviens pas facilement de qui était cette personne ou de quelle organisation parlait-elle, mais pour être juste, ce n’est pas mon rôle de critiquer ces personnes, encore moins d’essayer de jouer un rôle de leader d’opinion clé sur un sujet que je ne suis pas du tout spécialisé. Mais parce que je suis une personne curieuse avec une soif de connaissances, j’ai fait des recherches plus approfondies afin d’essayer de comprendre comment cela peut être faisable. Quelle est la mutabilité d’une souche virale? Dans des mots encore plus simplifiés….

Pour pouvoir répondre à cette question complexe avec une réponse simplifiée, il est impératif d’estimer avec précision les taux de mutation du virus, afin de pouvoir en déduire l’évolution individuelle et particulière des différents virus objets. Ce n’est qu’alors que des stratégies applicables peuvent être conçues pour contrôler la propagation, l’infectiosité et prévoir un avenir sûr plausible avant toute épidémie. C’était l’œuvre de Sanjuan et al (2010) où différentes méthodes d’estimation (qui, de par leur nature, sont assez variées et généralement assez complexes) ont été appliquées[1]. Mais comment peut-on définir le taux de mutation ? Eh bien, les auteurs l’ont défini comme substitutions par nucléotide par infection cellulaire (s/n/c) (donc pour tenir compte de la viabilité plutôt que de simples mutations sans aucune signification biologique) et corrigées pour le biais de sélection, le cas échéant et jugé nécessaire. 

Leurs observations étaient assez impressionnantes car les taux obtenus s’étendaient de 10−8 à10−6 (dans les virus à ADN) et à partir de 10−6 à 10−4 (dans les virus à ARN) soutenant l’idée classique d’un corrélation négative (c’est-à-dire que l’un diminue lorsque l’autre augmente, et vice-versa) entre le taux de mutation et la taille du génome parmi les virus à ARN et également les virus à ADN. De plus, [1] montre que les substitutions de nucléotides sont en moyenne 4 fois plus fréquentes que les insertions de nucléotides et les délétions de nucléotides dans le « génome viral », généralement appelé « indels ». Mais un autre outil public très utile qu’ils ont mis au point est les données de taux de mutation du virus régulièrement mises à jour (disent-ils) que l’on peut trouver à l’url: www.uv.es/rsanjuan/virmut [2] avec pour objectif principal de fournir un ensemble de données facilement disponibles, organisées et professionnelles sur les taux de mutation virale. Juste par curiosité et par exemple, je peux vous dire que le virus corona, comme prévu, ne fait pas partie des virus étudiés et que le VIH-1 a un taux de mutation de 4,9E-5 (s/n/c) alors que le virus de la grippe A se situe à 4,5E-5 (s /n / c) – ces deux valeurs sont des taux de mutation par infection cellulaire.

Il est facile de comprendre que toutes les mutations ne sont pas biologiquement efficaces et significatives et que le pouvoir de létalité peut en fait miner la pertinence du virus car un virus avec une mutation mortelle pour l’homme tue essentiellement rapidement l’hôte dont dépend le virus lui-même (car les virus ne sont pas des êtres vivants, ce ne sont que de simples algorithmes de code génétique qui fonctionnent sans très bien savoir dans quel programme global ils intègrent réellement – c’est à quel point les virus sont drôles et effrayants!!!).  S’ils tuent l’hôte rapidement, disons encore plus vite que le virus Ebola tue, le virus nécessiterait un hôte immédiat pour progresser dans la propagation de l’infection… et en ce sens, sa létalité associée peut compromettre son succès biologique. Pour éviter de disparaître, un virus doit être très infectieux et moins mortel! C’est ce que je comprends.

Mais qu’en est-il de leur  » stratégie  » de mutation ? Apparemment, il existe plusieurs types de « stratégies » de mutation consécutive si nous pouvons exagérer et affirmer que ces choses ont même un plan subliminal. Fondamentalement, des pressions et des forces évolutives et externes pures façonnent leur « essaimage », mais apparemment, au moins dans ce qui concerne le VIH et la grippe, leur mutation est liée à dérive antigénique et déplacement antigénique. La première se produit avec un changement d’aspect de la protéine de surface externe où l’hôte ne pourra pas identifier le virus, d’où une réponse défensive insuffisante; et la seconde est définie par la « fusion » de différents types du même virus fusionnant et devenant un nouveau type très différent de ses souches racinaires – qui surprendra l’hôte et leurs anticorps limités ne pourront pas faire face au nouveau profil d’infection virale [3] – l’épidémie de virus zoonotique H5N1 de 2003 qui a infecté les humains en est un bon exemple, mais heureusement avec une corrélation infectivité / létalité limitée!

La capacité de mutation et le profilage des virus sont un monde de connaissances. Et non seulement le temps est limité, mais aussi votre patience. Permettez-moi donc de sauvegarder ces deux derniers paragraphes courts pour discuter sur deux points droits:

Quels autres facteurs participent au taux de mutation des virus? Densité de population où la densité la plus élevée (surpopulation) trouvera des sauts réussis de virus d’un hôte à l’autre, plus rapidement et plus efficacement. En outre, un virus avec des temps d’incubation plus longs associés à ce que j’avais expliqué dans les paragraphes précédents, une létalité moins prononcée. Cela permettra même à un virus zoonotique de vivre librement chez les animaux migrateurs et de se propager joyeusement à des points géographiques éloignés. Biologiquement intelligent, n’est-ce pas?! Mais en un mot, la meilleure réponse à la facilité de mutation des virus se trouve dans les travaux de Sanjuan et Domingo-Calap (2016) [4] où les auteurs affirment que la capacité impressionnante de certaines souches virales à s’adapter à de nouveaux hôtes et environnements est fortement déterminée par leur capacité à produire de nouvelles protéines virales en peu de temps. Comme l’affirment les auteurs, la connaissance actuelle des taux de mutation virale montre que « la diversité génétique virale est déterminée par de multiples processus dépendants du virus et de l’hôte, et que les taux de mutation virale peuvent évoluer en réponse à des pressions sélectives spécifiques« , comme indiqué ci-dessus. Les taux de mutation virale sont programmés et effectués au moyen d’inclusion de fidélité à la polymérase, au contexte de séquence, à la structure secondaire du modèle, au microenvironnement cellulaire, par des mécanismes de réplication, lors de la relecture et / ou lors de l’accès à la réparation post-réplicative, au moyen d’éléments générateurs de diversité codés par le virus ou même par des cytidine / adénine désaminases codées par l’hôte [4]. 

Quel est le taux de mutation du SARS-CoV-2? Le jury est malheureusement toujours là et le sera pour longtemps, mais je soupçonne qu’un article récent de Tang et al (2020) [5] offre les meilleures informations originales les plus à jour que nous ayons obtenues jusqu’à présent (bien que naturellement limitées, comme vous pouvez le comprendre). Ils proposent que le SARS-CoV-2 puisse être classé en deux lignées principales (L et S) définies par seulement deux SNP étroitement liés (polymorphismes nucléotidiques simples) aux positions 8,782 (orf1ab: T8517C, synonyme) et 28,144 (ORF8: C251T, S84L). Leur analyse de la charge mutationnelle rapporte que « la lignée L avait accumulé un nombre significativement plus élevé de mutations dérivées que la lignée S« . De plus, ils ont également constaté une variabilité de seulement 4% des nucléotides génomiques entre le SARS-CoV-2 et un nucléotide utilisé pour référence « coronavirus lié au SRAS des chauves-souris (SARSr-CoV; RaTG13)« , et l’identifié « la différence sur les sites neutres était de 17%« , pointant vers l’idée que, à la suite de pressions sélectives différentes, « la divergence entre les deux virus est bien plus grande qu’on ne le pensait initialement.